是进化树中处于一组被分析物种之外的，具有相近亲缘关系的物种。

用枝长表示进化时间的系统树称为系统发育图，是引入时间概念的支序图。

指在进化树上任何一个分支节点，一个父分支都只能被分成两个子分支。

通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或其他性状，可以研究推断不同物种或基因之间的进化关系。

认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说，从而可以通过分子进化推断出物种起源的时间。

通过序列的相似性检索得到许多相似性序列，将这些序列做一个总体的比对，以观察它们在结构上的异同，来回答大量的生物学问题。