对于每一个给定基因（或蛋白质）其分子进化率大致是恒定的。

在指定的位置不相同的氨基酸进行连配，如果联配的残基有相似的物化性质，那么替换是保守的。

指不同种类的同源序列，他们是在物种的形成事件中从一个祖先序列独立进化而成的，可能有相似功能，也可能没有。

用计算机程序对可能的基因所做的预测，它是基于DNA片段与已知基因序列的匹配程度的。

对数据库中原始的DNA碱基序列添加相关信息（比如编码的基因，氨基酸序列等）或其他的注解。

由序列重叠群拼接而成。