头部具轮盘；咽部特别膨大称为咀嚼囊，内有咀嚼器；排泄器官为具焰茎球的原肾管，一对。

群体细胞直接由它们的细胞壁相连形成一定的形态和结构的群体，如水网藻属、盘星藻属、栅藻属。

群体细胞彼此分离，由残留的母细胞壁或分泌胶质丝连接成一定形态结构，如胶网藻属。

细胞仅相互靠贴，无一定的排列方式，如小球藻。

有些种类硅藻壳缝呈管状。

有些硅藻壳纹沿壳面两侧排列而不到达中线，在中央部分形成无纹空白区，外观很像壳缝，为假壳缝。

隔片一端是游离的。