是进化树中处于一组被分析物种之外的，具有相近亲缘关系的物种。

指在进化树上任何一个分支节点，一个父分支都只能被分成两个子分支。

通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或其他性状，可以研究推断不同物种或基因之间的进化关系。

通过序列的相似性检索得到许多相似性序列，将这些序列做一个总体的比对，以观察它们在结构上的异同，来回答大量的生物学问题。

BLAST搜索的过滤选项。指序列中包含的重复度高的区域，如polyA.。

在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步的整理。