将一个多肽链折叠成一个压缩的构象，从而使疏水残基远离溶剂的过程，简单的说，是由疏水作用而引起的肽链折叠。

含有一个全部由碳和氢组成的R基团的氨基酸；它不可能和水分子形成氢键

难以和水分子相互作用，字面上就是厌水的。

很容易在水性溶剂中溶解；字面上理解，就是和水易处的。

由于极性共价键的作用，使得电荷作用发生轻微分离而形成的分子相互作用。

以固定半径的单个原子表示蛋白质中的一个氨基酸残基的简单网格模型。

基因从一个物种传递到另一个物种的过程。虽然病原体和转座子通常被疑似为导致它的原因，但是基因这种运动的机制仍然未知。

具有公共祖先的序列。

反复试验，利用经验解决问题的一种方法

在序列分析中常用的一种数学模型。