是一种统计方法，主要根据观察到的一个或多个序列模式来对序列进行分类。

指只需少量突变事件激发就可以使一条进化路径比其他路径更有优先权的过程

那些具有相似性的序列，它们都是被复制的祖先基因的后裔。

一种进化单位；特别地，指被观察的对象中每100个残基发生一个替换所需要的平均进化时间。

指与一组生物体很少相关的一个物种或一组物种。

那些具有相似性的序列，由于物种形成事件而使得它们从一个祖先序列独立进化。

用来评估一系列新空位的罚分；序列比对中空位罚分的一部分。

原核生物调控蛋白结合的与基因启动子相关的一段核苷酸序列。

可以使氨基酸发生变化的密码子中核苷酸的替换。