如卫星DNA的同源性是通过固定的交换来维持，它们通过不均等交换导致其中一个重复单元的增加和另一个单元的消失。

产生串联的DNA序列。

外显子发生突变使功能丧失而个体被淘汰，因此外显子受选择压力的作用

线粒体内发现的COXII假基因含有一内含子，而核基因组内的COXII基因已缺失了内含子。

因为线粒体DNA复制过程中存在更多的错配，并且其修复机制的效率更低。

Rho-酵母线粒体基因组具有大量的缺失和重复。剩余的DNA通过扩增形成多拷贝。

细胞器蛋白质合成对抗生素的敏感性与原核生物相似。此外，细胞器核糖体蛋白和RNA聚合酶
亚基也与大肠杆菌中的同源。

一般来说只有蛋白质才能被输入。但在锥虫线粒体基因组中没有发现tRNA。

rRNA的非转录间隔区位于串联转录单位之间，而转录间隔区位于转录单位的18SRNA基因与28SRNA基因之间。