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离子色谱法测定环境空气和废气中氯化氢时，样品采集完毕，吸收液移入具塞比色管中定容后，即可直接在离子色谱仪上进样分析。
《水质 磷酸盐的测定 离子色谱法》（HJ 669-2013）的样品采集与保存规定，采集的样品应经0.45μm微孔滤膜过滤，其滤液不加任何保存剂，收集于聚乙烯或玻璃瓶内，在0℃~4℃下可保存48h。
在离子色谱分析中，进样体积大，水负峰亦大；淋洗液的浓度越高，水负峰越小。
采用《固定污染源废气 硫酸雾的测定 离子色谱法》（HJ 544-2016）测定固定污染源废气中的硫酸雾时，如采样使用的玻璃纤维滤筒空白值高于检出限，用实验用水反复浸洗滤筒，并超声清洗，直至测定浸泡水的电导率小于3.0mS/m。
《环境空气 颗粒物中水溶性阴离子（F-、Cl-、Br-、NO-2、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO2-4）的测定 离子色谱法》（HJ 799-2016）中环境空气颗粒物是指通过采样装置，采集在滤膜上的环境空气颗粒物（包括TSP、PM10、PM2.5等），不包括环境空气降尘。
《环境空气和废气 氯化氢的测定 离子色谱法》（HJ 549-2016）测定的氯化氢指以气态或雾滴形式存在的氯化氢气体。
离子色谱的电导检测器内，电极间的距离G越小，死体积越小，则灵敏度越低。
《水质 无机阴离子（F-、Cl-、NO-2、Br-、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO42-4）的测定 离子色谱法》（HJ 84-2016）样品的采集和保存规定，采集的样品应尽快分析。若不能及时测定，于4℃以下冷藏、避光保存，测定前过滤。
为避免色谱柱容量的超载，在分析未知浓度的样品时，最好先稀释100倍进样，或用微量进样器进样1-2ul，再根据所得结果选择合适的稀释倍数或进样量，这样既可以避免色谱柱容量超载，又可以减少强保留组分对柱子的污染。
用离子色谱法测定废气中硫酸雾时，当样品中含有钙、锶、镁、铜、铁等金属阳离子时可以通过阴离子树脂柱交换处理的方法，除去干扰。