是一种特殊位点或模体序列，在多序列比较的基础上，氨基酸的权值和空位罚分的表格。

短的保守的多肽段，含有相同模体的蛋白质不一定是同源的，一般10-20个残基。

进化上相关，功能可能不同的一类蛋白质。

依据综合利用基因的特征，如剪接位点，内含子与外显子边界，调控区，预测基因组序列中包含的基因。

开放阅读框是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列。

放回式抽样统计法。通过对数据集多次重复取样，构建多个进化树，用来检查给定树的分枝可信度。

在同一算法中产生多个最优树，合并这些最优树得到的树即一致树。