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问答题试述SCOP蛋白质分类方案

参考答案： SCOP将PDB数据库中的蛋白质按传统分类方法分成α型、β型、α/β型、α+β型，并将多结构域蛋白、膜蛋白和细胞表面蛋白...

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2.问答题在MEGA2软件中，提供了哪些碱基替换距离模型，试列举其中3种，解释其含义。

参考答案：碱基替换模型包括，No.ofdifferences、p-distance、Jukes-Cantordistance、Ta...

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3.问答题UPGMA构树法不精确的原因是什么？

参考答案：由个于UPGMA假设在进化过程中所有核苷酸/氨基酸都有相同的变异率，也就是存在着一个分子钟；这种算法当所构建的进化树的序...

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4.问答题简述最大似然法（ML）的算法思想。

参考答案：是一种基于离散特征的进化树算法。该法首先选择一个合适的进化模型，然后对所有可能的进化树进行评估，通过对每个进化位点的替代...

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5.问答题简述最大简约法（MP）的算法思想。

参考答案：是一种基于离散特征的进化树算法。生物演化应该遵循简约性原则，所需变异次数最少（演化步数最少）的演化树可能为最符合自然情况...

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6.问答题简述邻接法（NJ）构树的算法思想。

参考答案：邻接法的思想不仅仅计算最小两两比对距离，还对整个树的长度进行最小化，从而对树的拓扑结构进行限制。这种算法由一棵星状树开始...

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7.问答题简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。

参考答案：通过两两比对聚类的方法进行，在开始时，每个序列分为一类，分别作为一个树枝的生长点，然后将最近的两序列合并，从而定义出一个...

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8.问答题简述构建进化树的步骤，每一步列举1-2种使用的软件或统计学方法。

参考答案：（1）多序列比对：ClustalW
（2）校对比对结果：BIOEDIT
（3）建树：MEGA ...

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9.问答题什么是多序列全局比对的累进算法？（三个步骤）

参考答案：第一，所有的序列之间逐一比对（双重比对）；
第二，生成一个系统树图，将序列按相似性大致分组；
第三，...

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10.问答题什么是物种的标记序列？

参考答案：指物种特有的一段核苷酸序列。可以通过相似性查询，得到某一序列在数据库中的某一物种中反复出现，且在其他物种中没有的明显相似...

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