HXD3电力机车采用分布式微机控制系统。

监控装置途中关机后再开机的操作规定中，列车运行在区间（进站分区除外）：开机后监控进入降级状态时，将监控装置车站代号设定为下一车站，有速度时按压【开车】键。

CCBⅡ制动机，补机未与本务机连挂，严禁将制动模式设置为“补机”状态。

当平调信号为十车、五车、三车时，运行速度低于限速1km/h报警。

韶山3型4000系电力机车，低压试验前应确认蓄电池电压应不低于91.5V。

和谐型机车缓解停放制动（弹停），车下停放制动指示器应变绿。

司机可以根据自己的喜好选择在空气位还是电空位使用DK-1型制动机。

HXD3电力机车微机显示模式可以分为运用模式和整备模式两大类。

DK-1型电空制动机空气位操纵时，由于大闸已经失去控制作用，因此它的手柄可以放在任何位置。

CCBⅡ制动机，紧急制动后，自阀手把需在紧急位停留60秒才能缓解，否则自阀手柄移回运转位列车管不能充风。监控装置常用动作后，除进行监控解锁外，还需将自阀手把放置抑制位2秒，才能缓解。